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Adobe AIR
Applicaton Loaderでは問題なくアップロードできたのに、iTunes Connectからはエラーだからやり直せって返ってくる。
うん、まぁ、よくあることです。

今回の原因はまさにこれでした。
参考：Adobe AirでInvalid Bundleのエラーが出る

Adobe AIR関係は情報が少ないので、ひさびさにドンピシャでヒットしてちょっと感動（笑）
ちなみに、Animate CCのPlayer設定を開くと、<name>の値で<filename>も上書きされてしまうので要注意。
というか、Animate CC側から<filename>だけ書き換えることはできないです。